Od roku akademickiego 2000/2001 Studium Europy Wschodniej UW bierze udział w realizacji „Programu Stypendialnego im. Lane’a Kirklanda” – najpierw jako organizator i pierwszy koordynator Programu, a następnie jako instytucja koordynująca przebieg stypendiów w Warszawie. Stypendia są przeznaczone dla kandydatów z krajów Europy Wschodniej, zajmujących się praktycznie bądź teoretycznie kwestiami przekształceń, zwłaszcza ekonomicznych, państw i społeczeństw po komunizmie.
Organizatorem Programu jest Polsko-Amerykańska Fundacja Wolności, a patronem Lane Kirkland, zmarły latem 1999 r., legendarny przywódca amerykańskich związków zawodowych, który popierał „Solidarność” i wspomagał ją w latach podziemia. Popierał także aspiracje wolnościowe narodów Europy Środkowej i Wschodniej.
W pierwszym roku, pilotażowym, Stypendia przeznaczone były dla kandydatów z Ukrainy. Studium – jako Realizator Programu zorganizowało Program i gościło w Polsce 12 stypendystów, którzy przez rok akad. 2000/2001 uzupełniali wiedzę w różnych instytutach i uczelniach Warszawy i zakończyli swój pobyt przedstawieniem prac dyplomowych.
Od 2001 r. program był rozszerzany na inne kraje regionu. Jest wzorowany na doświadczeniach amerykańskiego Programu Fulbrighta i rzeczywiście ma szansę odegrać podobną rolę dla kandydatów z krajów naszego regionu, którzy dzięki niemu mają szansę otrzymania w Polsce stypendium wyjątkowej wagi i wyjątkowego znaczenia.
Instytucją odpowiedzialną za realizację Programu w całej Polsce jest obecnie Fundacja Liderzy Przemian. Studium pozostaje koordynatorem Programu w Warszawie.
W kolejnych latach Program rozwijał się i przyjmował coraz większe grupy uczestników. Dotychczas wzięło w nim udział ponad 700 stypendystów.